Z analizy orzecznictwa wynika, iż sądy coraz częściej odwołują się do elektronicznej wymiany dokumentów i danych między firmami. Ich zwiększona popularność jest rezultatem m.in. sprzyjających zabiegów legislacyjnych. Zmianie uległy przepisy dot. wystawiania, przechowywania i obrotu e-fakturami, znosząc wymóg posiadania podpisu elektronicznego, a przez to ułatwiając przedsiębiorcom wymianę e-dokumentów.
Dotychczas, zgodnie z raportem z 2012r. PKPP Lewiatan, tylko 10proc. wysyłanych rocznie faktur, było przesyłanych elektronicznie. Tym samym Polska zajmuje jedno z ostatnich miejsc w Europie, wyprzedzona nie tylko przez zachodnie gospodarki, ale również przez np. Czechy czy Litwę.
Zgodnie z treścią regulującego obecnie kwestię e-faktur rozporządzenia ministra finansów z 20 grudnia 2012 roku w sprawie przesyłania faktur w formie elektronicznej, zasad ich przechowywania oraz trybu udostępniania organowi podatkowemu lub organowi kontroli skarbowej (Dz.U. z 2012r. poz. 1528), inaczej niż w roku 2012, od 1 stycznia autentyczność pochodzenia, integralność treści, czytelność oraz fakt, że sprzedaż udokumentowana e-fakturą nie była fikcyjna, mogą być dowodzone przez podatnika również inaczej niż przez jej potwierdzenie podpisem elektronicznym lub systemem elektronicznej wymiany danych EDI. Rozporządzenie implementujące prawo unijne w tym zakresie stanowi, że sprawdzaniu spełnienia powyższych wymogów ma służyć „dowolna kontrola biznesowa, która ustala wiarygodną ścieżkę audytu”, co oznacza konieczność przeprowadzenia zwykłej biznesowej procedury weryfikacji nadawcy faktury, jej autentyczności i powiązania jej z konkretną transakcją.
Oznacza to w praktyce, że art. 20a ust. 2 rozporządzenia pozwala na uznanie za e-fakturę np. zabezpieczony przed zmianami plik o rozszerzeniu „.PDF”, który przy możliwości potwierdzenia transakcji np. umową uznać należy, za dostatecznie zapewniający autentyczność pochodzenia, czytelność i integralność treści dokumentu.
Istotną zmianę stanowi także zniesienie obowiązku uzyskiwania sformalizowanej zgody na wysyłanie faktur drogą elektroniczną. Od 2013r. zgoda na stosowanie e-faktur może być wyrażona w dowolnej formie, choćby ustnej.
Przechowywanie przesyłanych e-faktur odbywać się ma natomiast w dowolny sposób zapewniający: autentyczność pochodzenia, integralność treści oraz czytelność faktur, łatwe odszukanie oraz bezzwłoczny dostęp organom skarbowym.
Co więcej, podnosi się, że po spełnieniu powyższych warunków, nawet duplikat e-faktury traktuje się jak jej papierowy odpowiednik. W przypadku e-faktur trudno bowiem mówić o kopii i oryginale. Faktura elektroniczna to jeden plik. Uzyskany w ten sposób duplikat faktury, a więc jej drugi egzemplarz, nie pozbawia możliwości jej rozliczenia, a tym samym uprawnia do odliczenia wskazanego w nim podatku.